Bereits im Hochmittelalter gab es auf deutschem Boden Kommenden, also Niederlassungen des Lazarus-Ordens, die sich der Sorge um die Leprakranken annahmen, die an Lepra erkrankt waren, einer bis in die Neuzeit hinein gefürchteten Krankheit, die den Erkrankten stigmatisierte und zum Aussätzigen der Gesellschaft machte. Nachdem dies bereits im Heiligen Land das wichtigste Tätigkeitsfeld der Gemeinschaft war, wurde dies auch in den Besitzungen in ganz Westeuropa zur Aufgabe.Zudem übernahmen die Ordenssitze den Pilgerschutz.

Der Ort Schlatt im heutigen Baden-Württemberg war dabei eine der Keimzellen des Ordens in Deutschland, die bereits im Statutenbuch von Seedorf von 1321, der ältesten überlieferten Ordensregel, erwähnt wurde. Heute Standort der (inaktiven) Urkommende Schlatt.

Ein weiterer historischer Ort der ersten Niederlassungen des Ordens war in Gotha, hier im Hospital Maria Magdalena. 1223 wurde das Hospital durch die Landgräfin Elisabeth von Thüringen gegründet und dem Lazarus-Orden überantwortet. Dies führte zur Gründung der ersten Komturei in Mitteldeutschland, es folgten weitere Gründungen in Wackenhausen, Braunsroda, Breitenbich und Sangershausen. Im Rhein-Main-Gebiet war seit Mitte des 13. Jahrhunderts die Kommende Megersheim, südwestlich von Frankfurt, ansässig und zeitweise Sitz des Ordensmeisters.

Nach der Neuorganisation des internationalen Ordens im ersten Viertel des 20. Jahrhunderts wuchs die Zahl der Mitglieder auch außerhalb Frankreichs an, sodass in Deutschland ein Großpriorat unter Friedrich Fürst von Hohenzollern spätestens 1935 gegründet war.

Eine detaillierte Schilderung der mittelalterlichen Geschichte unseres Ordens im deutschsprachigen Raum enthält das Buch unseres Referendars Dr. Andreas Rademachers „Die Lazariter in Alemannien“, das wir historisch Interessierten zur Vertiefung des Themas gerne empfehlen.

Seit den 1970er Jahren besteht wieder eine deutsche Jurisdiktion, die unter der Bezeichnung Großballei fungiert. Dieser Begriff bezeichnet seit dem 13. Jahrhundert die Ordensprovinz eines Ritterordens. Die Großballei gliedert sich wiederum in regionale Kommenden. Aktuell steht an der Spitze der Jurisdiktion der Großbailli, die Leitung des Kapitels (Ordensregierung in Deutschland) obliegt dem Kanzler. Auf allen Ebenen wirkt das Kapitel an den Entscheidungen durch Fachverantwortliche mit, die Entscheidungen im Kapitel sind für alle Ordensmitglieder der Jurisdiktion verbindlich.

Die regionalen Kommenden werden jeweils von einem Kommendator geleitet.

Den hospitalischen Arm der Jurisdiktion der Großballei bilden die Deutsche Lazarus Stiftung und der gemeinnützige Lazarus e.V.